jqueryを何度も呼び出してコンフリクトしてしまうようなら、jqueryの読み込みはWordPressに任せてしまいましょう。
テーマファイルのheader.phpで使いたいスクリプトを読み込むための1行を追加。
<?php wp_enqueue_script(
'cookie', //使いたいスクリプトの名前
get_template_directory_uri() . '/js/jquery.cookie.js', //スクリプトファイルへのパス
array('jquery') //使うライブラリ
); ?>
各スクリプトの1行目を
$(function(){
から
jQuery(document).ready(function ($){
に変更
あとは、ソース上にはき出されているかを確認し、あとは、Chromeのデバッグ機能を使って、スクリプトに、jqueryのバージョン違いによる修正を施す。
これでたいがい動くのでは？